Sezon w II lidze (nowej I lidze)
- 2006/07
Awans do II ligi (nowej I ligi) w sezonie 2006/07 uzyskaliśmy dzięki wycofaniu się Kanii Gostyń z gry w tej klasie rozgrywkowej. Łącznie Unia Janikowo zgromadziła 36 punktów, wygrywając 9 spotkań, 9 remisując i 16 przegrywając. Uzyskaliśmy 16. miejsce, które gwarantowało grę w barażach o utrzymanie. Baraże jednak przegraliśmy z zespołem Warty Poznań (1:1 na wyjeździe i 2:2 u siebie; więcej goli zdobytych na wyjeździe dało zespołowi Warty awans do II ligi). W drugiej lidze wyższość naszych piłkarzy musiały uznać takie drużyny jak: Śląsk Wrocław (2:0), Ruch Chorzów (4:0), Polonia Bytom (1:0) czy Piast Gliwice (1:0).

Trzykrotny udział w barażach o awans do II ligi (nowej I ligi)
- 2003/04, 2004/05, 2005/06
W związku z tym, że trzy razy Unia zajmowała pozycję wicelidera na zakończenie rozgrywek, trzykrotnie przyszło nam grać w barażach o drugą ligę (obecnie nową I ligę). Niestety, trzykrotnie w tych barażach ulegaliśmy drużynie przeciwnej. W 2004 roku zmierzyliśmy się z zespołem Stasiaka Opoczno (KSZO Ostrowiec Świętokrzyski). W Janikowie zremisowaliśmy bezbramkowo 0:0, natomiast w Ostrowcu przegraliśmy 2:0. W 2005 roku przyszło nam grać z Piastem Gliwice. W Janikowie wygraliśmy 2:1, natomiast w Gliwicach przegraliśmy 1:0, co wykluczyło nas z awansu do wyższej klasy rozgrywkowej. W 2006 roku ponownie naprzeciwko nas stanęła drużyna ze Śląska. Była to tym razem Polonia Bytom. W Janikowie bezbramkowy remis 0:0, natomiast w Bytomiu przegrana 1:0 i ponownie pechowo przyszło nam się pożegnać z grą w II lidze (nowej I lidze).

Czterokrotne wicemistrzostwo III ligi, gr. 2
- 2003/04, 2004/05, 2005/06, 2007/08
Cztery razy kończyliśmy rozgrywki III ligi, gr. 2 na drugim miejscu. W sezonie 2003/04 roku zdobyliśmy 57 punktów (18 wygranych, 3 remisy i 5 porażek). Sezon 2004/05 - 60 punktów (18 zwycięstw, 6 remisów i 6 porażek). Sezon 2005/06 - 57 punktów (15 zwycięstw, 12 remisów, 3 porażki). W rundzie 2007/08 (czyli ostatniej) zapewniliśmy sobie wicemistrzostwo III ligi, gr. 2 już na kolejkę przed końcem rozgrywek. Tym razem wyrównaliśmy rekord z sezonu 2004/05 i zdobyliśmy 60 pkt (17 zwycięstw, 9 remisów i 4 porażki).

1/16 finału Pucharu Polski
- 2007/08
W związku z tym, że w sezonie 2006/07 Unia Janikowo grała w II lidze (obecnie I lidze) przygoda z Remes Pucharem Polski rozpoczęła się od I rundy. W pierwszej rundzie Unia stoczyła pojedynek z Przyszłością Rogów w Rogowie, gdzie nasi piłkarze wygrali 2:1. W 1/16 finału Pucharu Polski Unia trafiła na Arkę Gdynia. Mecz rozgrywany był w Janikowie, gdzie Unici przegrali z zespołem Arki 2:1. Warto dodać, że nasi piłkarze dwa razy ujrzeli czerwoną kartkę (w 116' i 73'). Tak więc przez 17 minut nasz zespół grał w dziesiątkę. Po regulaminowych 90 minutach wynik brzmiał 1:1, dzięki czemu musiała mieć miejsce dogrywka. Bramka, która okazała się zwycięską dla zespołu Arki padła dopiero w 108' i Unia przegrała dopiero po dogrywce w stosunku 1:2. Dla ciekawostki warto wspomnieć, że zespół Arki został wyeliminowany dopiero w 1/4 finału Pucharu Polski przez Wisłę Kraków (wcześniej Arkowcy wyeliminowali Cracovię Kraków).

Zdobycie Pucharu Polski - Kujawsko-Pomorski ZPN
- 2004/05
Do finału dotarliśmy wyeliminowując takie drużyny jak: Noteć Łabiszyn, Zawisze Bydgoszcz, Szubiniankę Szubin, Elanę Toruń i Chemika Bydgoszcz. W finale spotkaliśmy się z drużyną Brzyszko-Rol Brzyskorzystrzewko. W obu meczach miał miejsce prawdziwy pogrom. Na wyjeździe wygraliśmy 9:0, natomiast u siebie pokonaliśmy drużynę gości 7:0 i po raz pierwszy wywalczyliśmy okręgowy Puchar Polski.

Poza tym dwukrotne zdobycie drugiego miejsca w turnieju "Polska kadra czeka" (1986 i 2000   rok) oraz wygranie tego turnieju w kategorii Młodzika Starszego.